Το Πρωτάθλημα Γ’ Κατηγορίας 2020-2021 μετά από την απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου της ΚΟΠ, θα διεξαχθεί με τη συμμετοχή 16 ομάδων (σύνολο 30 αγωνιστικές) και θα αρχίσει στο Σαββατοκύριακο 19-20 Σεπτεμβρίου 2020.
Θα διεξαχθεί σε δύο γύρους. Οι αγώνες είναι διπλοί και ο αγώνας του πρώτου γύρου θα διεξάγεται υποχρεωτικά στην έδρα της μιας ομάδας και ο αγώνας του δευτέρου γύρου στην έδρα της άλλης ομάδας. Η σειρά των αγώνων θα οριστεί με κλήρωση πριν από την έναρξη του Πρωταθλήματος.
Μετά το τέλος του Πρωταθλήματος Γ’ Κατηγορίας 2020-21 θα ισχύει η αυτόματη διαβάθμιση των έξι τελευταίων ομάδων στον τελικό πίνακα κατάταξης του Πρωταθλήματος Γ’ Κατηγορίας. Οι διαβαθμιζόμενες ομάδες θα αγωνίζονται στο Πρωτάθλημα της αμέσως κατώτερης Κατηγορίας (Πρωτάθλημα Επίλεκτης Κατηγορίας ΣΤΟΚ) κατά την αμέσως επόμενη περίοδο.
Μετά το τέλος του Πρωταθλήματος Γ’ Κατηγορίας 2020-21 θα ισχύει η αυτόματη άνοδος στη Β’ Κατηγορία των πρώτων δυο ομάδων στον τελικό πίνακα κατάταξης της Γ’ Κατηγορίας. Από την Επίλεκτη Κατηγορία ΣΤΟΚ, με το τέλος της ολοκλήρωσης της ποδοσφαιρικής περιόδου 2020-2021, θα ανέλθουν στη Γ’ Κατηγορία δύο ομάδες.
