Mετά από εννιά χρόνια στην Αγγλία για λογαριασμό της Μάντσεστερ Σίτι ο Φερναντίνιο αποχώρησε από το Νησί και επέστρεψε στην πατρίδα του την Βραζιλία. Ο 37χρονος μεσοαμυντικός έπειτα από 17 χρόνια στην Ευρώπη γύρισε με κάθε επισημότητα στην Ατλέτικο Παραναένσε και παρουσιάστηκε από τον πρόεδρο του κλαμπ. Στην βραζιλιάνικη ομάδα ανδρώθηκε ποδοσφαιρικά και αποχώρησε το 2005, όταν τον απέκτησε αντί 8 εκατομμυρίων ευρώ η Σαχτάρ.
Ο Φερναντίνιο με την ομάδα του Ντόνετσκ κατέκτησε επτά πρωταθλήματα, πέντε κύπελλα, τρία εγχώρια Super Cup και το Κύπελλο UEFA της σεζόν 2008-09. Το καλοκαίρι του 2013 πήρε μεταγραφή στη Μάντσεστερ Σίτι, αντί 40 εκατομμυρίων ευρώ και αναδείχθηκε σε εμβληματικός αρχηγός των «Πολιτών». Με τους «Γαλάζιους» σήκωσε πέντε πρωταθλήματα, έξι League Cup, ένα FA Cup και δυο εγχώρια Super Cup.
